第一世　良弁（奈良の東大寺の初代別当）
東大寺初代別当の良弁が大山に登拝。
山頂にて不動明王の霊告を得て大山寺を開山する。
聖武天皇の勅願寺となる。（天平勝宝）
寺領として相模・安房・上総の一部を下賜される。
（『大山寺縁起』）

相模の国に生まれた良弁僧正は晩年に父母を思い当地を訪れて大山に登った。
峰上に登ると、僧正は地面から五色の光が出ているのを見出し、不思議に思って岩を掘り返してみると石像の不動明王が出現した。
不動明王よりこの山が弥勒菩薩の浄土であり、釈迦の変わりにこの山に出現して法を守護し衆生を利益しているとの託宣をうけた良弁僧正は一旦奈良に戻り、聖武天皇より東大寺を離れる許しを得るとともに、勅願寺の宣下を賜った。
東大寺建立の際に協力した工匠・手中明王太郎を伴って大山に戻った良弁僧正は、３年間当地に住して伽藍を整えた。

第二世　光増（行基の弟子）
行基の遺命により不動明王の像を彫刻し、本尊とする。
（『新編相模国風土記稿』）
一説には、良弁の大山登山に先駆けて716年（霊亀2年）に、
霊山寺（日向薬師）を開山した行基が大山の登山を試みたが、
叶わなかったとも伝えられる。
（『大山史』巻上）

第三世　空海（真言宗を開いた弘法大師）
弘法大師によって加持せられたのが、
大山の七不思議の一である「弘法水」とされる。
（『大山史』巻上）
女坂途中の大山七不思議の一である「爪切地蔵」は、
弘法大師が一夜にして爪で彫ったと伝えられるが、
実際には1652年（慶安5年）のものである。

また、徳一（最澄と激しい論陣を張った学僧）は、
書簡などで弘法大師と親交があったことが知られ、
一説には大山に弘法大師を招いたのは徳一とされる。
（神仏分離までは、大山山頂には徳一社が祀られていた。
縁もゆかりもない者を祀る理由はないと思われ、
徳一が東国で活動していた時期に、大山と何らかの
関係があったものと推測される。）

※なお、『新編相模国風土記稿』などには弘法大師の記載はない

第四世　弁真（良弁の弟子）
大地震（相模・武蔵地震）に伴う火災により、一山が灰燼に帰す。
弁真は山麓に易住寺（現在は浄土宗）を開山し、移り住む。
（『新編相模国風土記稿』）

第五世　安然（比叡山で天台密教を完成させた高僧）
大山の惨状に悲嘆するも、一山の再興を決意する。
総寺院にて秘法を修し、不動明王（童子か）の顕現に遇う。
大山寺が華厳・真言・天台の三宗兼学の道場として再興される。
（『新編相模国風土記稿』）

源頼朝は太刀を奉納して戦勝を祈願し見事成就した。
ここから有名な「納め太刀」の風習が始まった。

鎌倉胡桃谷大楽寺の願行上人は一時の輝きを失っていた大山寺の再興を江ノ島の龍穴にこもって祈願し鉄造不動明王像ならびに矜迦羅（こんから）、制迦（せいたか）の２童子像を鋳造した。
上人はこの三尊像を大山に安置し諸堂の復興がなった。

春日局が家光のため当山にこもり、家光が世継になるように不動明王に祈願する。その後駿府に向かい家康に直訴する。

徳川家康は大山寺を清僧の地となし実雄法印を学頭として大山寺を改革した。 その後春日局は再三大山寺に参拝する。

徳川家光は大山寺の造営に着手した。これを寛永の大修理といわれる。
其の後大山不動参りは江戸大衆の中にも広がりかつ定着して大山寺の全盛時代を迎えた。

大山の大火が発生。本堂伽藍、二重堂（龍神堂）以外ことごとく灰塵に帰す。
多くの寄進によって、数年で復興、本堂伽藍がことごとく再建される。

廃仏毀釈により、本堂伽藍をことごとく破壊される。
大山にあった多くの寺院が破壊され、大山寺の多くの宝物文化財が失われる。

現在の場所に仮屋を建てご本尊が安置される。

周囲２０Ｋｍ内の村々による材木に寄進や、日本各地の人々による浄財の寄進により９年間にのぼる難工事のすえ本堂が竣工し、盛大に祝われる。