第１世　奈良東大寺長者良弁僧正（華厳宗）
奈良の東大寺を開いた良弁僧正が開山した。

相模の国に生まれた良弁僧正は晩年に父母を思い当地を訪れて大山に登った。
峰上に登ると、僧正は地面から五色の光が出ているのを見出し、不思議に思って岩を掘り返してみると石像の不動明王が出現した。
不動明王よりこの山が弥勒菩薩の浄土であり、釈迦の変わりにこの山に出現して法を守護し衆生を利益しているとの託宣をうけた良弁僧正は一旦奈良に戻り、聖武天皇より東大寺を離れる許しを得るとともに、勅願寺の宣下を賜った。
東大寺建立の際に協力した工匠・手中明王太郎を伴って大山に戻った良弁僧正は、３年間当地に住して伽藍を整えた。

第２世　行基の弟子光増和尚
大山全山を開き、山の中腹に諸堂を設けた。

第３世　弘法大師
世に弘法大師が開祖という寺院は多いが、開祖ではなく大師が住職を務めたと伝わる寺はまれである。大師により数々の霊所が開かれ、大山七不思議と称される霊地信仰を確立した。

大火がおきて一山の伽藍を焼失する。

第５世　五十音の創始者と伝えられる安然和尚（天台）
伽藍を再興。華厳・真言・天台の三宗兼学の道場となした。
これより大山は別当八大坊をはじめとする僧坊１８ケ院末寺３、御師３００坊の霊山として栄えた。

源頼朝は太刀を奉納して戦勝を祈願し見事成就した。
ここから有名な「納め太刀」の風習が始まった。

鎌倉胡桃谷大楽寺の願行上人は一時の輝きを失っていた大山寺の再興を江ノ島の龍穴にこもって祈願し鉄造不動明王像ならびに矜迦羅（こんから）、制迦（せいたか）の２童子像を鋳造した。
上人はこの三尊像を大山に安置し諸堂の復興がなった。

春日局が家光のため当山にこもり、家光が世継になるように不動明王に祈願する。その後駿府に向かい家康に直訴する。

徳川家康は大山寺を清僧の地となし実雄法印を学頭として大山寺を改革した。 その後春日局は再三大山寺に参拝する。

徳川家光は大山寺の造営に着手した。これを寛永の大修理といわれる。
其の後大山不動参りは江戸大衆の中にも広がりかつ定着して大山寺の全盛時代を迎えた。

大山の大火が発生。本堂伽藍、二重堂（龍神堂）以外ことごとく灰塵に帰す。
多くの寄進によって、数年で復興、本堂伽藍がことごとく再建される。

権田直助にひきいられ、大山におしかけた数百人の暴徒たちによる神仏分離ならびに廃仏毀釈の激しい弾圧により、本堂伽藍をことごとく破壊される。
大山にあった多くの寺院が破壊され、大山寺の多くの宝物文化財が失われる。

現在の場所に仮屋を建てご本尊が安置される。

周囲２０Ｋｍ内の村々による材木に寄進や、日本各地の人々による浄財の寄進により９年間にのぼる難工事のすえ本堂が竣工し、盛大に祝われる。